¿Usar la opción Descargar repository equivale a usar git clone?
git clone url_of_repo
¿cuál es la diferencia?
No, la descarga es más git archive
.
Terminas con un file del HEAD actual (lo que significa que no hay historial).
También puede recoger un file de una confirmación de label, o una twig HEAD. De nuevo: sin historia.
git clone
te conseguirá el repository con su historial completo.