Banderas de control de fuente Xcode 9 no sincronizadas con el proyecto Bitbucket

Tengo un repository clonado de Bitbucket usando directamente de Xcode, lo cloné muy bien. Y puedo ver el repository (twigs, tags y mandos a distancia) en el browser de control de fuente.

Mi problema es que las banderas al lado de cada file no están sincronizadas, ¿algunos dicen que es "M" o "?"

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Pero dentro de mi Sourcetree, el estado de git está limpio. (También en Terminal)

Intenté agregar el file en Xcode usando Source Control, pero solo me da este post

Xcode 9 Source Control Commit Cant carga ayudante

Sin embargo, no hay ningún problema con el uso del Sourcetree o Terminal, pero es un poco molesto ver esos indicadores incorrectos mientras se trabaja en un proyecto.

Cualquier ayuda es apreciada. Gracias.