Autentificación Github de 2 factores en terminal con CocoaPod

Después de habilitar la authentication de 2 factores en Github, cada vez que pod install pod update o pod update en la terminal, debo ingresar el nombre de usuario y la contraseña DOS VECES para HTTPS. ¿Por qué está sucediendo eso? ¿Hay alguna manera de eludir la parte de authentication de contraseña como cuando estaba usando SSH en ese momento?

Eso es porque te está preguntando por subSpec, la forma más fácil de arreglar esto es con las cnetworkingenciales de git:

http://git-scm.com/docs/gitcnetworkingentials

https://help.github.com/articles/caching-your-github-password-in-git/