Archivos sobrantes después de realizar una confirmación que involucra files "movidos"

Cuando cambio el nombre o muevo files en mi repository de Git, estos se muestran en la list de files no registrados en SourceTree como dos inputs: un "nuevo file" y un "file eliminado". Una vez que escenario estos dos ('Agregar al índice' y 'Eliminar', respectivamente), aparece en la list de files preparados como un movimiento con un icono de flecha. Esto es genial hasta ahora, y luego selecciono ese file con el ícono de flecha y "Commit Selected".

Ingresé un post y "Confirmar", pero ahora todos los files eliminados siguen sin confirmar. La confirmación muestra que todos los files recién agregados se han comprometido correctamente, pero los eliminados de alguna manera se han quedado atrás.

Estoy seguro de que podría encontrar una solución para esto con Git en la console, pero me gusta usar SourceTree y no quiero tener que volver a la console para cometer este tipo de ataques.

¿Hay quizás un escenario que me he perdido? ¿Es esto solo un error?