Archive o clone files / directorys específicos con git (específicamente github)

Estoy tratando de hacer un personalizador similar al utilizado por Twitter para su marco Bootstrap ( http://twitter.github.com/bootstrap/customize.html ). Tengo un repository de Github que necesito para poder especificar ciertos files y directorys para download como un file zip.

He analizado posibles soluciones y tengo algunas ideas sobre cómo puedo lograr esto. Pero me gustaría recibir algunos comentarios.

git archive no funcionará porque el repository está en github y aparentemente no lo permiten. Además, no he podido encontrar una manera de especificar files para include o excluir en el command mismo.

Lo primero que pensé fue crear un script que clonara el repository en un directory temporal y luego borrara los files que no quiero en el file zip (incluidos los files git). El problema con esto es que siempre estaría descargando todo, incluso las cosas que no quiero en el zip.

Mi otra idea es tener una list de files para download y una secuencia de commands que recorre esa list para get los files de raw.github.com.

¿Cuál es la mejor manera de hacer esto? ¿Alguien sabe cómo Twitter logra esto para Bootstrap?

EDITAR: para que quede claro, no estoy tratando de crear mi propio creador personalizado para Bootstrap; Tengo mi propio proyecto no relacionado en github.