Angular-Cli gitpages deploy elimina master y crea local de gh-pages branch

Seguí http://developer.telerik.com/featunetworking/quick-angular-2-hosting-angular-cli-github-pages/

Pude utilizar github-pages y verlo bien en github usando:

ng github-pages: implementar

Pero cada vez que ejecuto esto, elimina mi copy local de desarrollo de la twig maestra y luego la reemplaza con la versión de producción. ¿Es esto un error o estoy haciendo algo mal?