Android Studio no reconoce AndroidManifest.xml como parte del proyecto cuando se usa git

¡buen día!:

El problema viene cuando uso el repository de git, y quiero editar el AndroidManifest.xml, Android Studio muestra este dialog:

dialog extraño

Pero para comstackr el proyecto no se ve afectado, no entiendo, agrego mis files de repository de esta manera:

sourceSets { main { manifest.srcFile '/git/repository/src/myproject/AndroidManifest.xml' assets.srcDirs = ['src/main/assets', 'res/assets/', 'src/main/assets/'] res.srcDirs = ['/git/repository/src/myproject/res/'] java.srcDirs = ['/git/repository/src/myproject/java/'] } main.assets.srcDirs += '/git/repository/src/myproject/assets/' } 

Gracias de antemano.

¿Puedes verificar si AndroidManifest.xml se agrega en el file gitignore?