Android Studio: el proyecto no usa el sistema de compilation Gradle después de presionar a Github

Recientemente, a mi proyecto de Android se le dice que no usa el sistema de compilation de Gradle. Además, por algún motivo, la única carpeta incluida en mi proyecto es la carpeta java, que contiene R, buildconfig y el manifiesto generado automáticamente que utiliza el IDE, pero no contiene los files de la aplicación real, ubicados en el carpeta "aplicación". La carpeta "aplicación" existe, pero no aparece en la list de la aplicación. Además, no puedo drag and drop la carpeta en la jerarquía listda en Android Studio. Además, hay un build.gradle que no está en la list.

La aplicación fue muy buena antes, y el único cambio que puedo decir es que he enviado una versión más nueva a Github después de importar todo de Eclipse. Funcionó bien con el sistema de compilation gradle después de la import desde Eclipse. Acabo de intentar enviar build.gradle a la aplicación, que antes no se había versionado. El problema es que el proyecto todavía afirma no usar el sistema de compilation gradle.