Amazon EB – CodeCommit – implementar en el entorno, evitar sobrescribir

Tengo una aplicación donde solo una parte determinada (código php) está controlada por la versión con CodeCommit. El rest de la aplicación, es decir, la carpeta raíz, las imágenes no se guardan en CodeCommit. ¿Hay alguna forma (es decir, usar eb cli) para implementar el código de CodeCommit en el entorno sin borrar esas carpetas ignoradas? Cada vez que ejecuto la implementación de eb cli, borra el entorno y solo despliega el código de cierta revisión.

¡Gracias!

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