alguna carpeta no está en el índice git, y no aparece en estado de git, no aparece en el file de ignorar, ¿cómo podría agregarlo al índice?

Tengo tres carpetas protegidas / themes / public / pero solo protegida / se muestra en git ls-files

Probé git add public /, no pasó nada, el estado de git todavía me muestra "nada que confirmar, limpiar el directory de trabajo". Confirmé que estas dos carpetas no se ignoran.

Nada aparece cuando hago git ls-files –otros –exclude-standard

¿Qué pasa? ¿Cómo puedo agregar estas dos carpetas para indexar o volver a indexar el repository completo?

No puede agregar directorys a un repository de git, solo files. En lo que respecta a git, los directorys solo existen como componentes de la ruta de un file.

Ver también ¿Cómo puedo agregar un directory vacío a un repository de Git?