Subtree de Git sobreescribiendo otro subtree

Tengo un repository con bastantes (5-50) subtreees fusionados en él. Cuando inicialmente bajé todos los subtreees, todo salió como se esperaba. De vez en cuando, cambio a mi twig upstream-subtrees para incorporar todos los cambios. Esto generalmente funciona

Pero, dos veces ahora, he tenido esa extracción replace los contenidos del directory A (apuntando al repository remoto A ) con los contenidos del repository B (un subtree diferente en el directory B apunta a un repository diferente). No tengo idea de por qué esto estaría sucediendo. Cuando ejecuto git remote -v para ver si mis controles remotos se dañaron o algo, todo se ve bien.

Además, no es como que el directory A siempre se sobrescribe con el repository B A veces D se sobrescribe con C , por ejemplo.

Ni siquiera sé por dónde empezar a search para depurar esto. ¿Algunas ideas?