Problema de synchronization de Git en Eclipse

Sincronizo mis proyectos de Eclipse con mi máquina de trabajo y mi máquina doméstica usando Git. Recientemente tengo un problema con la synchronization en una máquina.

La estructura del código en una máquina y concentrador Git se da a continuación

Project/ -bin -src -doc -.settings -.classpath -.project 

La estructura que obtengo cuando sincronizo con la máquina que tengo un problema es

 Project/ -bin/ -src -src -doc -.setting -.classpath -.project 

Hay dos copys de src con los files fuente relevantes dentro de los cuales invalidaron el package y las references del proyecto. Intenté muchas veces, incluso eliminar el proyecto del disco duro y luego volver a searchlo, pero no resuelve el problema. Este patrón de problemas también es persistente con mis otros proyectos nuevos y me encuentro con el mismo tipo de problema que simplemente no puedo resolver.

Observaciones adicionales

Después de probarlo en diferentes enfoques después de mi publicación inicial, se observó que no era el Git-hub o la synchronization de Git lo que creaba problemas. Es más bien hacer con eclipse cargando el proyecto.

Entonces como remedio ahora cargué el proyecto en cuestión en mi repository local como un sistema de files y el problema fue resuelto. Si se importó como un proyecto existente, entonces el problema volverá a popup.

Entonces, de acuerdo con la observación anterior, tiene que ver con el eclipse al cargar el proyecto y miré el file .project y la carpeta .settings para identificar las posibles causas pero no pude.

Por el momento, sé cómo resolver este problema, pero no sé por qué sucede esto. Agradecería si alguien pudiera explicarme por qué sucede esto.