Phpstorm creando diferencias random que no hice

Estoy usando PHPStorm como mi IDE. También estoy usando Git como mi VCS.

Voy a ciertos files y hago algunos cambios; sin embargo, por alguna razón, PHPStorm también crearía automáticamente otras diferencias que yo no hice, y esas diferencias simplemente eliminan y vuelven a agregar las mismas líneas sin cambiarlas.

Por ejemplo, supongamos que tengo xyz.php:

$j = 1; $f = 2; 

… luego hago un pequeño cambio

 $j = 1; $f = 2; $x = 3; //added this change - that's it 

y luego save.

Ejecutar un git diff revelaría:

 -$j = 1; +$j = 1; -$f = 2; +$f = 2; +$x = 3; //added this change - that's it 

Esto sucede consistentemente dentro de unos pocos files seleccionados.

¿Alguna idea sobre qué podría estar causando esto y cómo hacer que deje de suceder?

Además, si ayuda, si edito el file en Eclipse o cualquier otro editor, esto no sucede.