Los files sin seguimiento se muestran después de la extracción fallida de git

Empecé con un directory de trabajo limpio.

On branch master nothing to commit, working directory clean 

Luego hice un git pull que falló con dos errores de permissions:

 error: unable to unlink old '.gitignore' (Permission denied) fatal: cannot create directory at 'vendor': Permission denied 

Y de repente hay muchos files sin seguimiento en mi directory de trabajo que no estaban allí antes.

Intenté resolver el problema de permissions que hace que la extracción falle en primer lugar, pero ¿alguien puede explicarme por qué los files sin seguimiento se están colocando en la carpeta del proyecto localmente?

¿Es este comportamiento intencionado?

Parece que git falló durante su process de extracción debido a los permissions de file.

Corrí un strace en un process fallido, y muestra que a pesar del error de "Permiso denegado", git sigue tratando de escribir los otros files. Más tarde, dado que tenía errores, no termina el process de fusión, dejando el repository local en su estado anterior: en lugar de renombrar .git/index.lock a .git/index (cuando la fusión es exitosa), simplemente elimina .git/index.lock .

Lo que puedes hacer desde aquí es un git reset --hard y tirar de nuevo, ya que tu local estaba limpio al principio.