La mejor forma de almacenar dos proyectos relacionados en el mismo repository git

Tengo proyectos (uno es una aplicación de front-end, otro es la lógica de back-end), ambos relacionados entre sí, pero alojados en diferentes ubicaciones de serveres.

Quiero mantenerlos en el mismo repository de git (para que puedan compartir el seguimiento de problemas, y así puedo vincular / comprometer references entre los dos).

¿Es una mala práctica tener twigs como frontend-master y backend-master ? ¿o simplemente no debería seguir esta ruta y hacer dos repositorys separados?

La key aquí es que las dos twigs nunca se combinarán en una sola carpeta / repository

Esa es una muy mala idea. Eso no es en absoluto para lo que son las twigs.

Si desea colocarlos en el mismo repository, solo haga dos directorys de nivel superior.

La mejor solución sería hacer dos repositorys.