¿Es posible implementar únicamente los files modificados en una aplicación AWS Elastic Beanstalk en lugar de cargar todo el código fuente?

He configurado una aplicación Elastic Beanstalk en AWS.

Hasta ahora, he implementado versiones más nuevas de mi código fuente (file ZIP) a través de la interfaz web de AWS.

Ahora mi website está en línea y los usuarios pueden cargar imágenes de perfil. El problema es que cuando implemente una nueva versión de mi website, todo mi código fuente será reemplazado por el nuevo y todas las imágenes de usuario desaparecerán …

Entonces, ¿hay alguna opción para comprometer solo los files modificados en lugar de cargar toda la página?

No, deberá usar una solución de almacenamiento, como AWS S3, para almacenar los files de image. De esta manera, los files no desaparecerán cada vez que se vuelva a implementar su aplicación, y estarán disponibles desde todas las instancias de EC2, por lo que su aplicación puede escalar hacia arriba y hacia abajo libremente.

Sí. puede usar el format-patch para generar el diff y luego cargarlo y aplicarlo en su server.

 # generate the patch for the given last X commit git format-patch HEAD~X 

Una vez que tenga los files, cárguelos en el server y aplíquelos a su código.

Si no tiene instalado git en su server remoto, es un simple parche de Unix sin la git apply

Es muy simple y puedes ver algunos ejemplos aquí:
http://www.cyberciti.biz/faq/appy-patch-file-using-patch-command/