El estado de Git muestra todos los files ¿es correcto?

Esto es lo que leo de http://git-scm.com/book/en/Git-Basics-Recording-Changes-to-the-Repository

$ git status On branch master nothing to commit, working directory clean 

pero en mi caso muestra todo el file del ~ directory de inicio. ¿Es eso correcto?

Parece que ejecutó git init en su directory personal. Esto puede ser bastante problemático; compruebe que este es el caso comprobando si ~/.git/ exists. Si lo hace, debes eliminar eso.

Y recuerde que una initialization git init inicializará un repository en el directory actual, por lo que solo desea ejecutarlo en un nuevo directory que haya creado para su proyecto. Alternativamente, puede ejecutar git init <path> y git inicializará un nuevo repository en la ruta determinada.