Crea un submodule git del repository ya existente

Tengo el siguiente tree de carpetas:

<A git repository> <Folder A> <Folder B> <Another git repository C> <Yet another git repository D> 

Lo que quiero es que el repository C y D sea un submodule del repository en el que están contenidos. Por el momento, C y D no se han agregado al repository de nivel superior, simplemente residen en la carpeta. Llegaron allí usando git clone . ¿Hay alguna manera de agregarlos como submodules sin tener que eliminar las carpetas actuales y usar el git submodule add <url to repository C> para downloadlos de nuevo?