Comstackr a JAR en Eclipse (mientras que GiT repo está presente)

He buscado y encontré algunas cosas sobre la compilation de JAR en Eclipse, pero nada que parezca mencionar mi problema.

Decidí que me gustaría versionar mi código fuente usando GiT, por lo que en el espacio de trabajo de mi proyecto (en el directory src) inicié un repository de GiT. Ahora, el repository GiT crea una carpeta oculta llamada "/.git" que vive dentro de la carpeta repo (nuevamente, en mi caso, "src"). Ahora, cuando trato de exportar a un JAR, aparentemente solo toma todos los resources del directory "src" (y todos los demás files del espacio de trabajo del proyecto) y los errores de compilation.

Podría cortar fácilmente los files, comstackr en JAR, y luego pegarlos allí más tarde, pero me gustaría algo less hackish y más suave.

¿Algunas ideas?

Gracias de antemano por todas sus respuestas,

-METRO

Simple, crea un repository git fuera de la carpeta src

o

use Maven y diga al plugin jar (usado para empaquetar files .class y otros resources en un .jar ) para excluir la carpeta .git . Enlace a la opción de exclusión .