Cómo mejor rebase mi tenedor dentro de PyCharm / IntelliJ

Sé que se han hecho varias preguntas similares antes, pero hasta ahora no he encontrado una respuesta exacta al siguiente problema.

Estoy queueborando en un proyecto de GitHub donde creé un tenedor, y estoy usando PyCharm para manejar git. Cada vez que el repository principal en GitHub presiona una actualización elijo 'rebase my github fork' y parece funcionar bien, mi fork se actualiza al repository principal del proyecto original. Sin embargo, para actualizar mis files localmente, no estoy seguro de cuál es la mejor manera de hacerlo. Simplemente elegir 'rebase' a veces causa conflictos e incluso cuando elijo 'theirs' hay un error que dice que la rebase ha fallado y no acepta 'theirs'. ¿Estoy haciendo algo mal al hacer la rebase o cuál es la mejor manera de manejar esto dentro de PyCharm / IntelliJ?

Después de hacer un 'estado del file de actualización' desde el menu de VCS, a veces logro hacer la rebase y todo parece estar actualizado, pero cuando vuelvo a hacer clic en rebase los commits antiguos que ya están integrados en mis proyectos actuales están apareciendo de nuevo y me pide que select / edite / salte la rebase. No importa lo que haga, vuelven a aparecer.

Cualquier sugerencia de cómo resolver eso es apreciada.