Clonado Repo Pentaho Kettle de GitHub, ¿por qué los packages se arruinan?

Tengo problemas para generar los proyectos en https://github.com/pentaho para comstackr. Estoy usando Eclipse Neon con eGit y tengo instaladas las versiones más recientes de Ant y Maven. Sobreescribí el eGit para usar Apache Maven en Eclipse.

Este problema es con Kettle en https://github.com/pentaho/pentaho-kettle . Cuando clono el repository en mi máquina local, los packages se descomponen y no se comstackrá nada. Por ejemplo, todo el código que debería estar en org.pentaho.di.cluster está realmente en src.org.pentaho.di.cluster y eso arruina todas las declaraciones de packages así como las declaraciones de import. Se parece a esto:

Los paquetes están en mal estado

Por supuesto, puedo editar manualmente todas las classs y corregir las routes del package, pero ¿no debería funcionar cuando se clone desde GitHub?